Überdiözesane Einrichtungen des Dritten Bildungswegs für Priesterkandidaten sind:

Deutschland:
Studienhaus St. Lambert, Grafschaft

Österreich:
"Theologie im Dritten Bildungsweg" des Überdiözesanen Priesterseminars Leopoldinum, Heiligenkreuz

Spezielle Studien werden im ökumenischen Theologischen Studienjahr der Abtei Dormitio in Jerusalem angeboten.

Einen Schwerpunkt bei Ehe und Familie hat das Internationale Theologische Institut - Hochschule für Katholische Theologie in Trumau/Österreich (früher Gaming).

Verschiedene Forschungseinrichtungen gehen besonderen Fragestellungen nach und leisten auf Grund ihres besonderen Profils herausragende Arbeit: 

• Abt – Herwegen – Institut Maria Laach 
• Berliner Institut für christliche Ethik und Politik - ICEP
• Byzantinisches Institut der Benediktinerabtei Ettal
• Institut für Cusanus-Forschung 
• Institut für Theologie und Frieden
  Das Institut für Theologie und Frieden (IThF)  ist eine 1978 gegründete Einrichtung der katholischen Kirche, getragen durch den Katholischen Militärbischof. Das Institut verfolgt eigene Forschungsprojekte im Bereich der Friedensethik und gibt die beiden Reihen “Theologie und Frieden” sowie “Beiträge zur Friedensethik” heraus. Das IThF hat eine eigene Bibliothek und dokumentiert umfassend Literatur. Diese Dokumentation wird in Form der Online-Bibliographie Theologie und Frieden kostenfrei zur Verfügung gestellt und bietet auch eine englischsprachige Version. Im Oktober 2008 ist die nunmehr neunte Ausgabe erschienen. Sie enthält 168.000 Titel.
• Institut für Weltkirche und Mission (IWM)
  Das Institut für Weltkirche und Mission (IWM) ist ein wissenschaftliches Institut der Deutschen Bischofskonferenz an der Philosophisch-Theologischen Hochschule Sankt Georgen. Das IWM widmet sich in Forschung und Lehre in theologischer Perspektive den Fragen von Weltkirche und weltkirchlicher Arbeit mit dem Schwerpunkt auf der missionarischen Sendung der Kirche. Das IWM arbeitet eng zusammen mit wissenschaftlichen Institutionen in Europa, Afrika, Lateinamerika und Asien. Kooperationspartner in Deutschland sind die missionstheologischen universitären Lehrstühle und Institute sowie die katholischen weltkirchlichen Hilfswerke und deutschen Diözesen mit ihren Abteilungen für Weltkirche und Mission.
• Institut - Papst Benedikt XVI.
  Aufgabe des Instituts ist es, die Herausgabe der gesammelten Werke von Joseph Ratzinger/Papst Benedikt XVI durch den Bischof von Regensburg zu unterstützen und zu fördern.
• Johann-Adam-Möhler-Institut für Ökumenik
• Klaus-Mörsdorf-Studium für Kanonistik
• Martin-Grabmann-Forschungsinstitut für Mittelalterliche Theologie und Philosophie
• Ökumenisches Institut der Abtei Niederaltaich
• Vetus Latina Institut der Erzabtei Beuron